利用透射电子显微镜（TransmissionElectronMicroscopyTEM）可以直接获得一个样本的投影。在这种显微镜中电子穿过样本，因此样本必须非常薄。组成样本的原子的原子量、加速电子的电压和所希望获得的分辨率决定样本的厚度。样本的厚度可以从数纳米到数微米不等。原子量越高、电压越低，样本就必须越薄。
通过改变物镜的透镜系统人们可以直接放大物镜的焦点的像。由此人们可以获得电子衍射像。使用这个像可以分析样本的晶体结构。
在能量过滤透过式电子显微镜（EnergyFilteredTransmissionElectronMicroscopy，EFTEM）中人们测量电子通过样本时的速度改变。由此可以推测出样本的化学组成，比如化学元素在样本内的分布。
扫描电子显微镜（Scanningelectronmicroscope，SEM）中的电子束尽量聚焦在样本的一小块地方，然后一行一行地扫描样本。入射的电子导致样本表面散发出电子，显微镜观察的是这些每个点散射出来的电子。由于这样的显微镜中电子不必透射样本，因此其电子加速的电压不必非常高。场发射扫描电子显微镜是一种比较简单的电子显微镜，它观察样本上因强电场导致的场发射所散发出来的电子。
假如观察的是透过样本的扫描电子的话，那么这种显微镜被称为扫描透射电子显微镜（ScanningTransmissionElectronMicroscopy，STEM）。
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