CGE*常用的检测系统是紫外检测。当分析物经毛细管迁移通过检测窗时被快速检测。由于毛细管负载的限制，CGE不适用于纯化。分子通过确定组成凝胶基质的迁移率是由两个因素决定的。一是分子的电荷，它提供了分子迁移的动力。由于多孔凝胶的存在，这个力为粘性阻力和筛分所制约。粘性阻力的大小和筛分的难易取决于另一因素分子的大小。分子的荷质比和体积大小决定了分子迁移速率的大小。在自由溶液中，荷质比相同的分子，由于迁移率相同不能被分离。在凝胶中，荷质比相同时，迁移率取决于分子的大小。由于凝胶的筛分作用，溶质在电泳过程中受到阻碍，分子越大，阻力越大，迁移越慢，从而达到分离。总的来说，荷质比相对低的分子比高的分子迁移速率慢.
迁移速率慢的分子在检测器液池中停留时间长，导致峰加宽，使对峰积分不准确。常用峰面积除以迁移时间校正由样品荷质比变化引起的相对差异。研究显示，这些校正提供了更精确的峰积分。在非变性凝胶CGE中，同长寡聚体迁移率对碱基组成相对不敏感造成的。在变性聚丙烯酰胺凝胶条件下，同寡聚体相对迁移时间和组成碱基仍存在线性关系，相对迁移时间作为链长的函数互相平行，没有发生在非变性凝胶条件下不平行现象。
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