为了有一定的消毒区域和相应的照射强度，在悬挂时要有合适的高度，因此不可避免的存在消毒死角。紫外线消毒受温度和湿度的影响很大。当环境温度为时，其杀灭率降低到只有时的当相对湿度超过60时，需要延长消毒时间。紫外线的照射强度灭菌效还随时间逐渐下降，使用期一般都不超过小时。药剂消毒含气雾消毒通常都用甲醛一高锰酸钾熏蒸。温度升高杀菌作用增强，湿度以一为好，不宜低于甲醛一高锰酸钾熏蒸，操作麻烦，熏蒸时间长，做一次需要八个小时。熏蒸后产生的残留物附着于洁净的墙壁上设备的表面上不易擦除。药剂消毒气雾消毒在燃烧或反应过程中要消耗消毒空间内的大量氧气，致使菌种块处于极度缺氧和有害气体浓度极高的恶劣环境之中，大降低其萌发速度萌发率和生长活力。长期使用福尔马林气雾消毒，还会导致杂菌对药剂敏感性的下降，影响消毒的有效性，降低接种成活率。药剂消毒（气雾消毒）时，对人体皮肤粘膜的刺激性极强。气体对眼及呼吸道有强烈的刺激，甚至使人窒息死亡，因此对操作者的身体健康有极大的损害。使用药剂气雾消毒还会对物体产生严重的腐蚀作用。因此，使用化学药剂消毒，不仅极大的损害人体，而且严重的污染食药用菌。臭氧消毒的原理与特点臭氧消毒技术是我国近几年迅速发展起来的一种新型消毒方法，在菇类生产中应用后己获得令人满意的结果，实践证明完全可以替代传统的消毒方法，真正做到无公害栽培。臭氧是一种有气味的浅蓝色气体，具有广谱高效杀菌作用。利用其强氧化性，可以在较短时间内破坏细菌病毒和其它微生物的生物结构，使之失去生存能力。研究表明，它可以迅速杀灭各种病菌病毒霉菌真菌及原虫抱体卵囊及微生物。其杀菌效果与过氧乙酸相当强于甲醛，杀菌力比氯高一倍。灭菌时间迅速无比，是氯的一紫外线的臭氧的杀菌作用是急速的，当其浓度超过一定阀值后，消毒杀菌甚至可以瞬间完成。温度的提高和降低都可以增强消毒作用，尤其是将臭氧溶于水中其杀菌作用更强更快。
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