大量的经费投入教学设施建设后，在实验室方面，通过硬件设施的购置、改造，实验室的硬件水平基本上都能满足评估要求，有些实验室的设施达到了世界先进水平。由于经费的集中投入，有的学校在几年内的投入相当于该校近10年甚至更长时间的投入。实验室的快速建设和发展，由于事先缺乏实验室建设的长期整体规划，或者原来的规划跟不上新形势下的建设发展要求，实验室管理人员跟不上实验室发展需求，管理观念来不及转变，管理水平还没来得及提高，学校管理制度还跟不上新形势的发展，由此引发盲目争经费、重购置、封闭管理、轻使用的局面。
缺乏科学的购置计划，随意性较大地方性高校与重点大学相比，科研力量相对比较薄弱，教师重大科研项目较少，科研经费不足，每年的学科发展经费、教学投入经费来源渠道相对较少且不稳定，给学科、教学发展规划带来难题。购置计划的不完善，导致设备购置的盲目性和随意性。在申请上级经费投入的过程中，由于项目申请时间紧张，项目负责人往往重视项目材料本身的可行性，以争取到项目为主要目标，在项目的实验室建设方面以完成本项目为目的，缺乏统一的实验室规划和购置计划，对拟购的设备情况往往没有深入的考虑和调研，学校主管设备的部门无法进行宏观协调，导致同一学校甚至同一部门重复申购同一大型仪器设备。项目一旦立项，计划书一般按申报书内容编写，没有多大改变，而在项目建设过程中，对计划的执行要求比较严格。由于缺乏大型仪器设备的总体规划和购置计划，造成大型仪器设备在校内、区域内布局不合理、重复购置、利用率低的现象。
由于经费来源已经落实，项目计划不能随便更改，设备主管部门对设备是否购置已经无法提出疑义，只能对设备按规范采购提出要求，重视采购过程。由于部门之间缺少相互协调，科研、教学部门只负责经费用在需求上，而缺乏对学校仪器设备的宏观控制，设备主管部门不具备设备购置经费的控制权，因此对购置设备缺少发言权。目前绝大多数高校都建立了大型仪器设备论证制度，而论证报告由哪个部门批复、负责，却没有很好地明确，往往几个部门都在表上签字了事，但*终难以落实责任。谁都应该有责任，但又谁都可以不管。大型仪器设备购置前论证不充分，缺乏合理性，盲目购置，调研不充分，选型不切实际，致使购置的仪器设备不符合实际需要，有的设备过于先进而没人会用，有的因使用成本太高而成了摆设，有的因人员、配套条件等问题一时无法解决而无法使用，结果造成财产浪费和资源闲置。
加强实验室的规划建设，学校实行宏观管理。目前，大到国家，小至乡镇都在做规划工作，科学合理的规划是工作的目标，是指挥棒，是行动的指南。同样，实验室的建设也需要科学的规划。院系根据人才培养方案的调整、专业建设的要求、学科的发展需要，统一规划实验室的建设方向、内容、目标，包括规划顺利实施的保障措施，经费投入渠道和人员要求，配套的管理制度等。院系根据学校意见对规划进行完善和细化，从而每年度可以根据规划制定实验室年度建设计划和设备购置计划，其中院系的设备购置需求交学校设备主管部门审核，由设备主管部门负责对大型仪器设备的购置采取宏观管理，对院系上报的大型仪器设备需求计划进行分类统计，对提出的同一类型的设备进行协调归并，既要保证教学、科研工作的顺利进行，又要避免设备的闲置和低使用率。
制订大型仪器设备的购置计划通过专家论证后，使用单位应根据设备主管部门的意见制订购置计划、按论证报告情况落实大型仪器设备使用的配套条件，报经费主管部门审批后，将购置计划及配套要求的执行计划交学校设备主管部门，由设备主管部门将此大型仪器设备列入学校采购计划，并督促院系相关实验室做好设备到位前完成配套任务。
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