血液分析仪的全自动流水线化即是将血液常规分析中的所有步骤和项目进行系统性联合，将血液常规分析、网织红细胞分析、血片的制备（选择、涂片、编号、染色、干燥）等系列步骤通过血液分析仪（血液细胞分析仪）自动完成。
这种全自动流水线可以将具有不同功能的单个设备用自动传送系统连接在一起，使血液标本从计数开始自动按程序运行到推片和染色结束，全部自动进行。而现在许多血液细胞分析仪已经合并了网织红细胞分析功能，因此只有电脑控制台、血液分析仪主机、涂片染片机。
在全自动血液分析仪的基础上实现全自动流水线化，是血液分析仪的又一大飞跃，但这需要雄厚的资金支持。
全自动流水线系统的优势在于极大地减少了人工劳动的强度，加快了标本的处理速度，同时使得许多操作更加标准化和减少了操作者之间的个体差异。例如制作血涂片的过程可以根据血液细胞分析仪测定的红细胞参数和设定条件来智能化地决定该患者血涂片的制作要求，如果细胞数量少，涂片机会调整制片的角度，制作较厚的血涂片，细胞数量较多则选择制作比较薄的血涂片，这样可以更方便阅片医师的显微镜检查工作。染色条件由于设定非常精确，因此染色效果非常一致，颜色和效果可以满足临床阅片的要求。
全自动流水线系统*为重要的部分是计算机控制系统，因为整个流程是在它的控制下运行的，而系统中的“规则”是非常重要的一个软件环节。所谓规则就是来自血液分析仪和专家经验的综合，这些“规则”将被存储在计算机内，凡不符合规则的标本将被筛选出来。例如白细胞计数高于或低于多少，直方图或散点图那个区域出现异常信号，则该标本应该被制作涂片，需要进行显微镜检查；那个标本的红细胞或血红蛋白低于多少、直方图或散点图有何改变，该标本需要自动进行网织红细胞分析和涂片检查等。
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