CGE对寡核苷酸的定性分析是非常有效的，它能基线分离长度相差一个核苷酸的磷酸二酯寡核苷酸和硫代寡核苷酸。硫代寡核苷酸由于分子骨架上的每个磷酸基上的一个氧为硫取代，增加了对核酸酶消化的阻力，使这类化合物更适合反义治疗.同磷酸二酯寡核苷酸一样，CGE可对硫代寡核苷酸提供单碱基分离，但对硫代寡核苷酸分子骨架上磷酸基的差异不敏感。对同一寡核苷酸，当骨架上分别有1，2，3个磷酸基未被硫代时，仍和全硫代寡核苷酸有同样的迁移时间.
使用内标，CGE可对寡核苷酸进行定量分析，计算其浓度、纯度。使用不同内标在相同操作条件下对已知浓度同一寡核苷酸测定，所测寡核苷酸的浓度有轻微的改变。为了保证*精确的测定，在每次操作时，测定内标浓度应和CGE测定在同一温度下进行。HPLC对合成寡核苷酸的分析具有良好的耐久性和重现性，但对一些寡核苷酸不能提供很好的分辨能力，分析工作中通常使用阴离子交换HPLC.
HPLC分析寡核苷酸同CGE一样，各种长度的寡核苷酸分离能力受分析中所用样品量的影响极大。从n-1组分中分离n组分，样品量增加时，分辨能力降低.寡核苷酸自身互补序列的分子间和分子内氢键能够妨碍获得精确的分析能力。由于填料物质的稳定性，HPLC能在变性条件下运行，尽管60℃以上的高温和一些洗脱剂会缩短柱寿命，但可使分析寡核苷酸的分辨能力增加，使在室温和一般洗脱剂不能分离的组分获得基线分离。
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