在计算机机房的配置上若达到以上的建议概念，但还需要考虑到计算机机房内的气流循环与问题，机房的冷热气流混合愈严重则显示空调的能源损耗愈大，即整体计算机机房之能源使用效率愈低，而要改善计算机机房冷热空气的混合状况，首要工作必须建置冷热通道，将冷空气与热空气在机房内的活动路径尽可能的分离，或减低混合的路径长度;以面对背机柜排列方式而言，当冷空气由第一组机柜前端进入且由机柜后方排出时，已经进行第一次热交换，排出的空气温度已较地板出风口的冷空气高很多，此时却与周围较低温空气混合后进入下一个计算机机柜，因此第二组计算机机柜的入风口温度较原来冷空气温度高，导致散热效果也较差。
以此类推，位于最后一排的计算机机柜散热状况最为不良，为预防最后一组计算机机柜因机组过热而跳机，故机房管理者只能再降低空调系统的出风温度，依绿色生产力基会空调系统管理与节能手册可知:调降冰水出水温度1℃必须额外消耗压缩机耗电1.5~3%，意谓空调混风问题可能同时造成空气侧与冰水侧双方面的能源损耗，早期最常见的排列方式为机房的管理者没有机房冷热通道隔离的观念下而要求美观所以每排机柜接面向门外，殊不知这是造成空调效能差及机房耗电的主要元凶;若将计算机机柜的排列方式改变为面对面排列，使冷空气与热空气有各自的行进路径，冷空气可直接进入计算机机柜内进行热交换，而前后排机柜也较不会产生散热不均的问题。
若计算机机房内使用的空调系统为高架地板形式的空调箱或箱型冷气机，冷空气由地板下送往高架地板出风板进入冷信道，热信道上方无天花板回风通道，而是使用自然对流方式让室内热空气回到空调箱的回风口，此种情况需特别注意其排放的位置，一般认为应该将箱型机置放于冷通道前后方，使其供应之冷空气可以最接近冷通道出口，虽然冷空气移动至机柜的距离缩短，但热空气回风的路径可能出现另一种与预期中截然不同的现象，试想将箱型机设置于冷通道两端或是水平于机柜排列的两边，热空气必须由热信道跨越冷信道才可回到箱型机的回风口，在接近箱型机的区域形成严重的冷热气流混合情形，解决方案可将箱型机排放于热通道两端才是最佳的位置，使热回风直接由热通道快速进入箱型机内，以减少冷热空气混合的机率;此外，若机房的架构并非高架地板型式，则应将箱型机排放于冷通道两侧，使其冷空气直接吹入冷通道，形成保龄球道效应(bowlingalley)。
一般计算机机柜背部为热空气排出口，通常是整个计算机机房内温度最高的地方，因此特别容易被注意，有些机房管理者就在那些地方增加地板出风口，希望可以直接将热量带走，如此一来非但无法达到最佳的机柜内部散热效果，反而会因混风情形而加倍消耗能源与降低空调系统的冷却效率，正确做法应是仅在冷通道内摆放出风口高架地板，且尽可能地靠近计算机机柜前端吸入口，热通道不宜放置任何具有孔洞的高架地板，确实将热通道的热空气与地板下的冷空气完全隔开，若有天花板回风高架地板的设置，应将其摆放于热信道内，冷信道不宜放置任何回风高架地板，用意除了防止冷热空气的混合作用之外，亦避免冷空气短循环的情形;在高架地板下方的线路也需要规划与整理，过多的杂乱的线路会造成冷空气移动滞碍难行，某些地板出风口可能因此得不到足够的冷空气量，而杂屑与灰尘会阻塞出风板孔，对IT设备引发损害，这也是现今一些机房常见的问题。
机柜柜与柜之间网络线路没经过规画预留或是没有规画线路该走的线架，年久线路就会因为设备的增加则越积越多越乱，所以机房内网络线路的规画也是机房建置前的规划其中一项很重要的项目;若计算机机房内有已停用或待整修的计算机机柜，先将其前端地板出风高架地板封闭或置换为无孔洞高架地板，尽量随时排除未有使用的地板出风口，将其摆放至较高发热机柜的吸入端，有效利用既有的冷空气量，亦可避免冷热气流混合机率;为防止计算机机房内出现地板出风型式之空调系统无法降低的局部热点，应将高发热机柜分散错开置放，使每一区域的平均发热情形接近平衡，以利空调降温时可达计算机机柜的散热需求。
一般计算机机柜内部空间并不会完全放满设备，因此会留有些许的空间，若忽视这些夹缝空间的存在，则无形之间产生许多的能源消耗而不自知;当冷空气由机柜前端被吸入IT设备内进行热交换，冷空气升温变成热空气，由机柜后端准备排出，此时，热空气受到前方吸入端的牵引，一部分热空气由机柜内的闲置空间拉回到前端再次被吸入IT设备内，形成机柜内部热空气的短循环，而回流的热空气与前端预备进入机柜的冷空气混合，产生了要避免的混风问题，其改善方向为:在无设备柜位前端加装机柜盲盖板(可阻隔气流)即可得到改善，作用在于使空气经过机柜的唯一通道只剩下IT设备本体，排出之热空气不会受到机柜前端的吸引，纵然热空气由机柜闲置空间回流也因有机柜盲盖板的隔离而无法回到机柜前端，如此一来，热空气短循环或机柜内部混风问题即迎刃而解。
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