（1）水利主管部门财务管理手段受限，资金监管存在安全风险。实行国库集中支付制度后，由于体制及网络体系不适应，省、市级水利主管部门对县、市的水利财务资金监管还存在缺位现象导致资金管理链条断裂，水利资金的运作信息无从了解，更谈不上同步监管，对违规违纪问题无法在事中监督，只能通过事后检查纠偏，增加了水利投资项目资金的安全隐患。（2）水利财务管理团队及制度建设滞后，监管水平亟待提高。水利财务管理团队建设问题主要体现在，管理人员的专业知识水平低，不能根据水利工程的变化及时的调整财务管理，同时后期的管理人员培训工作没有得到落实，管理人员的综合素质没有得到进一步的提高。重要的是管理人员队伍财务的基本法律常识概念掌握不够，不能将财务管理纳入法律轨道上来。制度方面主要表现在没有对工作人员进行具体的工作和职责划分，一人身兼多职，滋生了腐败现象的发生。（3）部门预算不细化，削弱了会计集中核算效应。部门预算是财政支出管理的基础。财政管理制度改革中，部门预算综合预算尚未真正改革到位，预算编制、执行、监督相互制衡的财政资金运行体系尚未建立健全，信息不对称、财政支出管理的透明度不高。预算的准确性和科学性受到很大限制，同时基层单位没有预算，预算管理很难进行，国库集中支付也支付不到基层。水利、财政两个部门科目设置不统一，不衔接。因此，科学有效的财政支出绩效管理有待加强。（4）水利项目配套资金落实不到位，制约水利项目建设。虽然在国家、省级、地方三方的共同努力之下，可以保证水利工程建设的施工资金，但是水利项目的配套资金落实问题严重突出。按照国家的基本规定，省级的水利拨款只能用于主体建设，而不允许利用在配套设备的资金使用中，但是地方经济能力有限，国家的财政拨款有限，这导致水利施工的配套资金严重匮乏，不能建立相应的维修机制，监督机制等。（5）地方水利单位人员经费不足，影响工作开展。根据自然环境的差异，地区之间的水利工程建设程度和规模也有所不同，在水利工程施工规模大的地区，工作人员的需求量也相对较大，但是国家的财政编额有限，就出现了大量的无编工作人员，而且这部分人员的数量很大，实行国库集中支付制度之后，在职无编人员的工资不能得到保障，部分退休无编的工作人员的节本生活也不能保证，既影响了现有工作人员的工作热情和工作效率，也引起了离休无编老同志的不满，矛盾重重。
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